Ассоциация СФПП управляется через систему коллегиальных, исполнительных и контрольных органов. Высший орган — Общее собрание членов.
Высший орган управления
Определяет приоритеты деятельности, утверждает изменения Устава, избирает Президиум, Президента и Ревизионную комиссию, утверждает отчётность, принимает решения по имуществу, взносам, филиалам, реорганизации и ликвидации.
Каждый член имеет один голос; решения принимаются открытым голосованием, а ключевые вопросы — большинством 2/3 голосов присутствующих.
Коллегиальный исполнительный орган
Постоянно действующий коллегиальный исполнительный орган, подотчётный Общему собранию. Обеспечивает выполнение решений Общего собрания членов Ассоциации, созывает Общее собрание, утверждает повестку Общего собрания, рассматривает предложения членов Ассоциации, принимает в члены Ассоциации и исключает из Ассоциации, предварительно одобряет годовой отчёт и распоряжается имуществом и средствами Ассоциации.
Единоличный исполнительный орган
Действует от имени Ассоциации без доверенности. Организует текущую работу, издаёт приказы, готовит заседания Президиума и координирует деятельность управленческой команды.
В структуре также предусматриваются Первый вице-президент и вице-президенты по направлениям: госорганы и ГЧП, наука и нормативное регулирование, членство и партнёрства, коммуникации и мероприятия, межрегиональное и международное сотрудничество. Первый вице-президент согласует работу вице-президентов и обеспечивает связность проектов.
Контрольный орган
Финансово-хозяйственный контроль осуществляет Ревизионная комиссия (Ревизор), избираемая Общим собранием. Ревизионная комиссия проводит проверки не реже одного раза в год и представляет результаты Общему собранию.
